รายงานข้อเสนอการปฏิรูประบบควบคุมและป้องกันโรค เสนอตัวอย่างความเสียหายทางสุขภาพและทางเศรษฐกิจจากตัวอย่างของการแตกตื่นจากการระบาดของกาฬโรคในประเทศอินเดีย, การระบาดของโรควัวบ้าในกลุ่มสหภาพยุโรป และการกีดกันทางการค้าโดยระงับการนำเข้าอาหารทะเลจากประเทศที่มีการระบาดของโรค ซึ่งล้วนมีสาเหตุมาจากความผิดพลาดในการใชัข้อมูลทางวิชาการเพื่อการควบคุมและป้องกันโรค นอกจากนี้ยังได้ชี้ให้เห็นว่าการควบคุมและป้องกันโรคไม่ติดต่อก็เป็นเรื่องที่มีความสำคัญ และจำเป็นต้องใช้วิชาการหลายอย่างเช่นกัน การปฏิรูประบบการควบคุมและป้องกันโรคที่เสนอในรายงานนี้ แบ่งออกเป็นสองส่วน คือ ด้านวิชาการและด้านปฏิบัติการส่วนวิชาการ ควรมีสถาบันวิชาการที่ไม่อยู่ในสายบังคับบัญชาของกระทรวงสาธารณสุข แต่อยู่ภายใต้กำกับของคณะกรรมการซึ่งมีรัฐมนตรีกระทรวงสาธารณสุขเป็นประธาน สถาบันนี้ที่มีหน้าที่หลักในการรวบรวมองค์ความรู้ทั้งในประเทศและระดับสากล พัฒนาระบบข้อมูลต่างๆ ในประเทศเพื่อรวบรวมข้อเสนอแนะให้กับหน่วยงานต่างๆ ครอบคลุมทั้งโรคติดต่อและไม่ติดต่อ ร่วมมือกับต่างประเทศ ทำวิจัยและสนับสนุนการวิจัยที่เกี่ยวกับการควบคุมโรค ตลอดจนร่วมพัฒนากำลังคนสำหรับวิชาการด้านนี้ ทั้งนี้ โดยมียุทธวิธีการทำงานและบริหารจัดการด้านทรัพยากรที่สามารถสร้างความร่วมมือระหว่างหน่วยงานวิชาการภายในประเทศและระหว่างประเทศ ไม่พยายามรวมศูนย์ทรัพยากรไว้ในสถาบันเอง เช่น ไม่จำเป็นต้องมีนักระบาดวิทยาครบทุกโรค ไม่จำเป็นต้องมีสำนักงานสาขาในภูมิภาค และ ไม่จำเป็นต้องมีห้องปฏิบัติการของตนเองอย่างครบถ้วน แต่มีงบประมาณและความสามารถใช้ประโยชน์จากนักวิชาการในสถาบันอื่นๆ และสร้างเครือข่ายหางห้องปฏิบัติการที่มีอยู่ทั่วประเทศ เพื่อดำเนินกิจกรรมในด้านวิชาการได้อย่างมีประสิทธิภาพส่วนปฏิบัติการ แบ่งเป็นสองลักษณะ คือ กระบวนการทางคลินิก เช่น การเสริมสร้างภูมิคุ้มกัน การตรวจคัดกรองวินิจฉัยและให้การรักษาเพื่อป้องกันภาวะแทรกซ้อน และส่วนที่อยู่นอกเหนือการบริการสาธารณสุข เช่น มาตรการทางสังคมและกฎหมาย, การปรับปรุงความปลอดภัยด้านสิ่งแวดล้อม, การควบคุมผลิตภัณฑ์อุตสาหกรรมและเกษตร ฯลฯ กระบวนการควบคุมและป้องกันโรคในส่วนกลางที่เป็นหน้าที่ของกระทรวงสาธารณสุขได้แก่ การกำหนดกฎระเบียบ, จัดหางบประมาณส่วนกลางสนับสนุนท้องถิ่นที่จำเป็น, จัดหาเวชภัณฑ์สนับสนุนท้องถิ่นสำหรับควบคุมและป้องกันโรค การจัดบริการเพื่อควบคุมโรคกรณีพิเศษ ตลอดจนกำกับติดตามกิจกรรมการควบคุมและป้องกันโรค การควบคุมป้องกันโรคทางคลินิกส่วนใหญ่จะอยู่ในความรับผิดชอบของสถานพยาบาล ซึ่งควบคุมโดยระบบประกันสุขภาพและระบบตรวจสอบคุณภาพสถานบริการ (Hospital Accreditation) โดยมีสถาบันเฝ้าระวังปัญหาสุขภาพเป็นผู้กำหนดมาตรฐานกิจกรรมด้านนี้) ไม่ว่าสถานบริการนั้นจะมีสังกัดอยู่ในระบบใด (เช่น เป็นหน่วยราชการ, อยู่ภายใต้กำกับรัฐบาลกลาง, อยู่ภายใต้กำกับรัฐบาลท้องถิ่น หรือเอกชน) นอกจากนี้ท้องถิ่นและประชาชนจะต้องร่วมรับผิดชอบในการควบคุมและป้องกันโรคในพื้นที่ของตนโดยตรง ไม่ว่าจะเป็นองค์การบริหารส่วนท้องถิ่น หรือ เป็นองค์กรภาคประชาชน เช่น อสม. องค์กรคุ้มครองผู้บริโภคและสิ่งแวดล้อม ชมรมผู้สูงอายุ ควรมีการประเมินผลการควบคุมและป้องกันปัญหาสาธารณสุขชนิดต่างๆ เป็นระยะๆ ซึ่งดำเนินนารโดยหน่วยงานภายนอก โดยความร่วมมือของสถาบันควบคุมและป้องกันปัญหาสุขภาพแห่งนี้
